В итоге требуется получить вот такую таблицу
Организация|Склад|Номенклатура|Количество
Все данные достаточно получить из таблицы остатков регистра Хозрасчетный — без каких либо соединений с другими таблицами, только одна таблица — Хозрасчетный.Остатки. При этом в параметрах виртуальной таблицы надо задать фильтр на счета, с которых будем получать остатки, параметром. Значение параметра задать на вкладке Параметры СКД. Фильтр на организацию и склад в запросе задавать не надо — это реализуется путем добавления отбора по организации и складу на вкладке Отбор в СКД.
Склад и Номенклатура — это субконто счетов, в запросе это будет выглядеть как Субконто1, Субконто2, или Субконто3 — где на каком субконто находится склад, где номенклатура можно посмотреть в плане счетов в режиме предприятие.